여순사건과 관련한 민간인에 대한 집단 학살은 해방 전후의 격동기 속에 해방 후 계급적, 민족적 모순의 해결을 둘러싸고 외세, 지배 세력과 민중과의 대립이 최고 수준에서 가장 적대적 형태로 폭발된 형태의 봉기군과 지방 좌익, 빨치산의 무장 투쟁에 대한 남한 정부의 토벌에서 비롯된 것이었다. 이를 연대기, 학살 주체, 피학살자, 학살 행위 유형으로 구분해 살펴보면 다음과 같다.

• 1첫째, 민간인 학살의 연대기적 양상으로, 여순사건의 민간인에 대한 집단 학살은 크게 네 시기로 구분해 볼 수 있는데, 봉기군에 의한 학살, 진압군과 계엄 하에서의 집단 학살, 빨치산 토벌 과정에서의 집단 학살, 그리고 국민보도연맹원과 정치범에 대한 집단 학살 시기로 구분해 볼 수 있다.
  
  봉기군에 의한 집단 학살 시기는 14연대 군인들에 의해 이뤄졌는데, 이 기간의 학살은 주로 경찰과의 교전 이후 여수와 순천과 같은 소위 해방구인 점령 지역에서 지역 유지들과 포로로 잡힌 경찰들이 학살을 당하였다.
  
  진압군과 계엄 하에서의 집단 학살은 초법적인 계엄령이 발동되면서 진압군에 의해 자행되었는데, 이 기간의 학살은 주로 무차별한 진압 과정과 계엄 하에서 자행된 집단 학살로 무작위 다수의 민간인들이 이때 학살을 당하였다.
  
  빨치산 토벌 과정에서의 집단 학살은 진압 이후 산악 지역으로 근거지를 옮긴 봉기군과 지방 좌익에 대한 이른바 빨치산을 토벌하는 과정에서 산악 부근의 마을 민간인들이 학살을 당하였다. 그리고 이 토벌 과정의 집단 학살 시기는 한국전쟁기로 그대로 이어져 갔다.
  
  국민보도연맹원과 정치범에 대한 집단 학살은 여순사건을 계기로 정부는 이 지역의 수많은 좌익 활동가들이나 정치범들에 대해 사상 전향을 종용했고, 대다수는 그에 따를 수밖에 없었다. 그러나 이들은 한국전쟁이 일어나자, 거의 다 집단 학살을 당하였는데, 애기섬(경상남도 남해군 소치도)의 120여 명, 대전형무소의 여순사건 관계 정치범 1,300여 명이 죽임을 당한 사건이 후반기의 대표적인 학살이다.
  
  
• 2둘째, 학살의 주체로 본 유형으로 우익 측에서는 국군, 경찰, 우익 단체 등으로 크게 나눌 수 있고, 좌익 측에서는 14연대 군인들을 주축으로 한 지방 좌익으로 구별할 수 있다.
• 3셋째, 피학살자들의 유형으로, 피학살자는 우익의 경우 군인, 경찰, 지역 유지뿐만 아니라 보도연맹원, 형무소 수감자, 부역혐의자, 공비 및 통비 혐의자, 불심검문 또는 가택 수색에 의해 뚜렷한 혐의도 없이 학살의 대상이 되는 주민 대부분이 대상이 되었다.
  
  
• 4넷째, 학살 행위 유형별로 본 민간인 학살과 야만성이다. 학살의 유형에는 총살, 수장, 일본도에 의한 참살, 죽창에 의한 척살, 때려죽이기, 폭격이나 비행기에서의 기총소사 등이 있었다.
  
  또한, 피학살자별로 본 유형은 부역 혐의, 공비 및 통비 혐의 등 뚜렷한 혐의도 없이 학살의 대상이 되었으며, 지역별로는 사건의 진원지인 여수를 비롯하여 순천, 광양, 구례, 고흥, 보성, 화순 일부와 곡성 일부 및 경남 산청까지도 학살 대상 지역이었다.

• 추정 1) 5,591명은 1948년 11월 1일 현재, 전라남도 보건후생국 통계 자료와 2008년, 2009년도 위원회 연구 용역 피해자 현황조사 최종결과보고서를 참조한 최소 기준임
• 추정 2) 11,131명은 사건발발 1년 후 전남도가 1949년 10월 25일 현재로 조사한 피해 자료임
• 기타 지역 : 화순, 나주, 곡성, 담양, 목포, 신안, 영암, 장성, 장흥 지역 등
• 적대세력사건 : 여순사건 당시 인민군과 지방좌익 및 빨치산에 의한 피해 사건으로 여수, 순천, 광양, 곡성, 구례, 담양 등
• 위의 ‘추정 대비 희생자 피해 현황’은 여순사건 관련 해당지역의 국민보도연맹, 형무소재소자, 부역혐의사건 피해자는 누락된 자료임